При использовании разных методов кластерного анализа для одной выборки могут получиться разные разбиения.
Для выбора "лучшего" вводятся понятия функционалов качества разбиения.
Сумма квадратов расстояний до центров классов:
Q_{1}(S)=\sum\limits_{l=1}^{p}\sum\limits_{O_{i} \in S_{i}}d^{2} (O_{i},\overline{X}(l)) \to \min,
где p - число классов,
S_{l} - $l$-ый класс в классификации S,
\overline{X}(l) - центр класса S_{l}.
Отношение внутрикластерного и межкластерного расстояний:
\frac{F_{0}}{F_{1}} \to \min,
где F_{0} - среднее внутрикластерное расстояние (F_{0} \to \min),
F_{1} - среднее межкластерное расстояние (F_{1} \to \max)